案件情報と要員情報の宛先を手動でBccに入れてメール配信しています。このシステムのメール配信も手動で設定しないといけないですか？

いいえ、SES支援システムは宛先が自動で設定されます。
案件配信、要員配信の「宛先」ごとにメールが配信されます。
Bccに入れる必要もなく、「取引先管理」、「担当者管理」メニューに
設定した宛先に自動で配信されますので、特別な操作は必要ありません。